根据我国相关法律规定，学生在使用学校提供的服务时，应当按照合同约定支付费用。如果学校要求学生更换新的水卡并收取工本费，这属于一种商业行为，但需要遵循公平合理的原则。 首先，收费是否合法需要看具体的情况和合同条款。通常情况下，学校可以对学生的用水行为进行一定的管理和服务收费，但这必须是在双方同意的基础上达成的，并且应该遵守当地的物价部门的规定。如果学校单方面强制要求学生购买新的水卡并收取工本费，可能会侵犯到学生的权益。 其次，对于工本费的具体金额，也需要仔细考虑。虽然一般情况下工本费应该是固定的，但在某些特殊的情况下，如学校为了改善设施而进行的升级，可能需要额外收取一些费用。但是，在这种情况下，学校也应当确保这些费用是合理的，并且能够得到相应的回报。 总的来说，学校的行为是否合法，取决于具体的条件和合同规定。因此，在处理此类情况时，建议咨询专业的法律顾问，以确保自己的合法权益得到保护。