根据《中华人民共和国土地管理法》规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。因此，如果国家公务员擅自将自家的耕地保护区改造成农田的行为属于违法行为。 具体来说，该行为可能违反了以下法律规定。 《中华人民共和国土地管理法》第47条规定。“禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。” 《中华人民共和国土地管理法实施条例》第6条也明确规定，“任何单位和个人未经批准或者采取补救措施，改变被征收土地用途的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令改正；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。” 因此，如果国家公务员私自更改耕地保护区为农田，可能会面临行政处罚和刑事责任的风险。建议该公务员积极联系相关部门，了解相关法律法规，并按照要求进行整改。