赌博罪的取保候审保证金应当是用于保证被告人在侦查、审查起诉和审判阶段不逃避或者妨碍调查的义务。如果公安机关在案件办理过程中没收了保证金中的部分金额，这通常是因为存在违反法律规定的情况，如保证金被挪用、未及时退还等。 至于是否需要对剩余的保证金进行罚款，这取决于具体案件的具体情况以及当地司法机关的规定。一般来说，在赌博案件中，若保证金被没收并用于支付违法所得的款项或作为对赌徒的惩罚，可能会要求追缴剩余的保证金。但具体的处罚标准会根据当地的法律法规和具体情况来定。 请注意，以上信息仅供参考，具体法律适用和处理应以相关国家或地区的法律为准，并且建议您咨询专业的法律顾问以获得准确的法律意见。