在处理涉及工程押金与返还问题时，应当确保双方的合法权益得到保护。根据法律规定，如果工程押金已转化为出资，并且公司未能按照合同约定退还剩余款项，那么这部分资金应被视为投资权益的一部分，具有法律上的合法性。 关于是否可以起诉的问题，这取决于具体的情况和法律规定。通常情况下，当合同中明确规定了退款条件或时间，且对方未履行协议时，您可以向法院提起诉讼要求对方履行义务或者赔偿损失。然而，需要注意的是，即使已经完成工程并封顶，但如果合同没有明确约定剩余款项必须全部退还的情形，则可能无法直接通过诉讼方式要求退回工程押金。 因此，建议您首先仔细阅读合同条款，了解各方的权利和责任，以确保自己的利益得到有效保障。同时，也可以考虑寻求专业的法律意见，以便更好地维护自己的权益。