在合伙承包工程中，如果发生垫资的问题，需要根据具体的情况进行分析和处理。首先，要明确双方的出资比例和责任分配情况。其次，要评估垫资的原因和后果，并考虑是否可以协商解决或通过法律途径解决。 如果经过协商无法达成一致，或者垫资导致了一定损失，可以向人民法院提起诉讼，要求对方承担相应的赔偿责任。在诉讼过程中，应当收集充分的证据，包括合同、往来函件等，以支持自己的主张。 需要注意的是，在处理此类案件时，应当遵循诚实信用原则，确保交易行为符合法律规定和商业道德，避免因不当行为引发的纠纷和损失。同时，建议在签订合同时详细约定各方的权利义务，避免未来产生争议。