合伙人协议是一种特殊的合同形式，用于明确合伙人的权利和义务。在大多数情况下，如果公司已经成立了，并且根据合伙协议的约定进行运作，则该合伙协议是有效的。 然而，如果公司的设立过程存在瑕疵或者存在违反法律规定的情况，那么合伙协议可能就不具备法律效力。例如，如果公司在设立过程中存在欺诈行为，或者违反了相关的法律法规，那么这些违法行为可能导致合伙协议无效。 此外，即使合伙协议本身有效，但如果公司未能按照合伙协议的规定进行经营，或者公司经营不善导致亏损，这可能会对合伙协议的履行产生不利影响。因此，在处理合伙关系时，应当确保所有合作方都理解并遵守相关法律规定，以及与之有关的合同条款。