未取得房产证的回迁房属于一种特殊的房地产交易形式，涉及到多种复杂的法律和合同条款。在这种情况下，签订任何协议都应仔细考虑，并确保所有相关方的理解和同意。 在您所提到的情况下，如果双方签订了协议并约定由甲方违约时须偿还定金两倍加上已经支付的款项作为赔偿，这可能是一个较为明确且保护了买方利益的条款。然而，需要注意的是，这种类型的协议通常并不具备强制执行的效力，特别是对于没有正式过户手续的房屋而言。 如果甲方向乙方提出违约要求，而乙方不同意，则乙方有权拒绝支付任何费用或请求，除非有法律规定或者法院判决强制执行。因此，在这种情况下，建议寻求专业的法律意见，以确保您的权益得到充分保障。同时，也可以考虑通过仲裁或其他途径来解决争议，以避免进一步的法律纠纷。