根据《中华人民共和国公司法》（以下简称“《公司法》”）的规定，有限责任公司的股东在公司章程中可以约定不进行股权转让的限制。这种约定应当符合法律规定，并且不得违反国家法律法规和政策。 在股东合同书中明确禁止股东擅自处置其持有的股份，这并不违法。但如果该条款与《公司法》相冲突或者存在其他不合理之处，则可能需要修改或调整。 如果该规定导致了股东权益受到损害，可以通过法律途径解决，要求确认该条款无效或者要求赔偿因该条款实施而造成的损失。在具体操作过程中，建议咨询专业的法律顾问以获得更准确的法律意见。