根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果双方当事人签订了书面合同，并且该合同中包含了关于苗木的详细清单，那么该合同应当被视为有效。在签订合同的过程中，甲乙双方应当按照约定履行各自的义务。 然而，如果一方未能提供完整的苗木清单，这可能会影响合同的有效性。因为合同中的条款需要双方共同确认和理解，如果其中的条款不明确或者存在歧义，可能会导致纠纷的发生。 在这种情况下，如果甲方已经将合同中的苗木清单带走，而乙方无法证明该清单的真实性，那么可能会对乙方产生不利影响。因此，在处理此类案件时，建议双方通过协商解决争议，以寻求一个公平合理的解决方案。同时，也需要注意保留好所有的证据材料，以便在必要时进行诉讼。