根据《城市规划法》规定，建筑屋顶设计应当符合城市规划要求，并且不得擅自改变。因此，如果顶楼业主自行在自家屋顶上封闭阳台，其行为违反了城市规划要求，应当认定为违法建设。然而，在此情况下，具体如何处理需要根据当地的法律规定和实际情况来确定。 一般来说，如果执法机关能够提供相关证据证明该行为确实违反了城市规划的要求，那么可以依法对其进行处罚。但需要注意的是，即使存在违法行为，也应尽可能通过协商解决的方式进行处理，以减少不必要的纠纷和冲突。同时，建议当事人及时寻求专业的法律顾问或房地产评估机构的意见，以便更好地维护自己的合法权益。