根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，人民法院应当保障被告人在整个诉讼过程中依法享有的辩护权和其他诉讼权利。如果被告人被法院传唤后立即被法院执行拘留，并且在此期间其交通工具被偷窃，那么法院应采取必要措施保护被告人的合法权益，包括但不限于。 调查并追回被盗的交通工具； 通知公安机关进行调查和处理； 向被告人及其家属提供必要的生活帮助和支持。 此外，对于因紧急情况而无法及时采取上述措施的情况，法院可以考虑通过其他途径确保被告人的合法权益不受损害。总之，法院有责任采取一切可能的措施来保护被告人的合法利益。