您与公司的三方协议中明确约定了“如因本人原因导致无法履行劳动合同义务，则需支付一定比例的违约金”。因此，在您的情况下，即使您已经考上研究生并决定不入职，仍然可能需要按照协议约定支付一定的违约金。具体的金额取决于双方协商的结果，并且建议您仔细阅读和理解协议中的所有条款。 如果您认为该协议存在不合理或不公平之处，可以考虑向劳动争议调解委员会寻求帮助，或者直接提起诉讼来维护自己的权益。同时，建议您保留好所有的书面证据，以便在必要时作为支持材料使用。