根据我国《中华人民共和国义务教育法》规定，学生应当按时到校参加学习。在本案例中，如果学生因为特殊原因无法按照约定的时间到达学校，学校有权要求其补课，并且可以根据实际情况决定是否收取补课费用。然而，对于学生的数学课程，学校的安排是合理的，因为数学是一门重要的学科，对学生的学习和未来发展具有重要意义。 关于学生迟到的罚款问题，法律规定，学校可以对迟到的学生进行罚款，但不得超过当地规定的标准。因此，在这种情况下，学校有权对学生进行罚款，但应确保罚款不违反法律法规的规定。此外，学校应该采取措施帮助学生克服困难，使其能够按时到校参加学习。 总的来说，学校有权利对迟到的学生进行一定的处罚，但需要遵循相关法规，确保处罚合理合法。同时，学校也应尽最大努力帮助学生克服困难，确保他们的学习不受影响。