根据您的描述，您和朋友可能遇到了一些法律问题。首先，关于培训协议的问题，一般来说，如果双方有明确的书面合同或协议，并且该协议中包含相关条款，则应按照协议执行。如果您认为公司的做法违反了协议中的约定，您可以要求公司退还多收取的费用并赔偿损失。其次，关于加班的情况，根据《劳动法》的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。因此，公司应该确保员工的工作时间符合法律规定。最后，关于违约金的问题，如果公司没有在签订合同时明确表示收取违约金，那么违约金的收取将被视为非法。建议您与公司进行协商解决，如果无法达成一致，可以考虑向当地劳动监察部门投诉或者提起诉讼。