在处理家庭暴力案件时，法院通常会考虑多个因素来决定孩子的抚养权归属。这些因素可能包括但不限于。 孩子的年龄和情感需求。 父母的性格特点和教育能力。 母亲是否有稳定的工作和居住环境。 父亲是否能够提供足够的经济支持和生活照顾。 在这种情况下，如果母亲已经向法院申请保护令，并且证明自己是安全的，那么可能会优先考虑判决母亲作为孩子的监护人。然而，这并不是绝对的，因为最终的决定取决于法庭对整个案件进行全面评估的结果。 请注意，每个案例都是独特的，具体情况需要根据具体的案情进行分析。因此，在做出任何决策之前，建议您寻求专业的法律意见，以便更好地了解您的权利和义务。