首先，需要明确的是，在中国境内，任何土地的使用都需要经过严格的审批程序。未经批准，擅自占用、改变或者破坏耕地等国家规定的农用地用途的行为，都是违法的。 其次，如果企业已经在农用地上建设了房屋和其他设施，并且这些行为已经超过了农用地的使用期限，那么这种情况下，企业确实可能面临一些法律风险。例如，可能会因为违反了《中华人民共和国土地管理法》的规定而受到处罚。 最后，对于企业是否已经开始办理建设用地变更手续的问题，建议您与相关政府部门进行沟通，了解具体的情况。同时，如果您认为自己的权益受到了侵害，可以考虑寻求法律途径来维护自己的合法权益。