根据您描述的情况，如果您的合伙人不同意将款项转到法院执行账户中，您可以考虑以下几种方法来保护自己的权益。 与合伙人进行协商。首先尝试通过沟通解决纠纷，了解对方的想法和担忧，并尝试找到双方都能接受的解决方案。 寻求第三方介入。如果您认为直接向法院申请执行会遇到困难或者阻力，可以考虑寻求律师或其他专业人士的帮助，以确保公正地处理案件。 向仲裁机构申请裁决。如果以上方法都无法解决问题，可以考虑向有管辖权的仲裁机构提起仲裁程序，由专业的仲裁员对争议进行调解或裁决。 提起诉讼。最后，如上述方式均未能解决问题，建议及时采取法律行动，向人民法院提起民事诉讼，要求合伙人履行其应尽的责任。 请注意，在任何法律操作之前，务必详细了解相关法律规定及可能的风险，以便做出明智的选择。希望这些建议能帮助您妥善处理此事。