有限责任公司的注册资本是指在公司章程中规定的股东出资总额。如果有限责任公司在章程中约定其注册资本为1亿元人民币，并且实际投入的资金为8000万元人民币，则该公司的注册资本与实际投入的资金比例为80%。 根据《中华人民共和国公司法》的规定，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。因此，在这种情况下，即使公司的注册资本是1亿元人民币，但只有8000万元人民币被实际投入，那么公司只能以80%的比例来承担法律责任。 所以，如果有限责任公司在章程中约定注册资本为1亿元人民币，并且实际投入的资金为8000万元人民币，那么他们可以签订一个赔偿协议，但是赔偿金额应该按照实际投入的资金进行计算。