根据法律规定，如果分公司总经理在职期间存在贪污行为，并且该行为已经构成了犯罪，那么公司有权要求其赔偿损失。但是，在这种情况下，公司的主张必须基于证据和事实，而不是仅仅凭空提出一个金额。 此外，公司在没有经过充分调查和核实的情况下，直接要求员工归还大额款项可能会侵犯员工的合法权益。因此，建议公司在采取任何行动之前，首先应当进行全面的财务审计和核查，以确保自己的主张是合法合理的。同时，也应该考虑与员工进行沟通和协商，尽可能地减少可能带来的负面影响。