根据《中华人民共和国劳动民法典》的规定，劳动者在签订劳动合同前应当了解并确认其是否具备从事相应工作的条件。如果员工在入职时未持有健康证，且该事实对完成本职工作任务有直接影响，则用人单位有权要求解除与劳动者的劳动合同，并据此拒绝支付工资。 因此，在这种情况下，除非双方另有约定，否则用人单位可能不会全额支付员工的工资。具体情况应以双方书面协议为准。建议您详细阅读劳动合同中的相关条款，以便更好地维护自己的权益。