根据法律规定，如果双方自愿达成的离婚协议中涉及子女抚养权的归属和抚养费的支付方式，并且没有违反法律法规的规定，则该协议应当视为合法有效。在离婚协议中约定两个孩子都归女方抚养，而男方只承担其中一个孩子的抚养费用，这通常被视为是双方协商一致的结果。 然而，在实际操作中，具体情况可能会有所不同，因为每个家庭的情况都是独一无二的。例如，一方可能需要照顾多个孩子或面临经济压力等特殊情况，此时可能需要重新考虑是否按照协议执行。 总之，在处理此类争议时，重要的是确保协议符合相关法律法规，并尊重所有当事人的利益。如果您有具体的法律疑问，建议您咨询专业的法律顾问以获得更准确的解答。