您好，根据您提供的信息，如果在签订三方协议时，学校和乙方都已经签字盖章，而甲方没有签收并由甲方医院盖章确认，则该协议可能并不完全有效。 首先，根据《中华人民共和国民法典》的规定，双方当事人应当在协议上签字或者盖章，并且必须有相应的证明材料来证明他们的身份。如果您已经提供了学校和乙方的盖章确认文件，那么至少可以证明双方已经存在了一定的法律关系。 然而，由于甲方没有签署协议，这可能会对协议的有效性产生一定的影响。因为按照法律规定，只有当所有的当事人都签署了协议并且盖章后，该协议才会被认为是有效的。因此，除非甲方能够提供足够的证据表明他们确实不知道或没有参与签订此协议，否则协议很可能被视为无效。 请注意，以上分析是基于一般情况下的法律原则。具体情况还需要结合具体案件的具体情况进行详细分析。如果您需要更详细的法律建议，请考虑聘请一位专业的法律顾问进行咨询。