《国有土地上房屋征收与补偿条例》（国务院令第590号）第五条规定。“为了公共利益的需要，国家对纳入城市规划区内国有土地范围内房屋依法实行征收。”根据上述规定，只有在公共利益的需要下，才可以对国有土地上的房屋进行征收。因此，在没有县级以上政府批准的情况下，棚户区改造是不合法的。