您好！首先，您提到的房屋建设过程中的程序和手续均符合法律法规的要求。因此，在整个建造过程中，无论是基层单位还是政府部门都应当按照法律规定和合同约定执行，确保房屋质量和安全。 然而，如果发现房屋面积与申请不符，您可以考虑以下几点。 详细检查房屋内部结构和布局，以确定是否属于两层或多层。 检查房屋基础部分是否存在异常，如裂缝、下沉等现象。 联系当地相关部门或机构，了解相关政策规定及处理方式。 此外，如果您认为政府工作存在失误导致损失，可以考虑通过合法途径寻求赔偿，例如提起诉讼、申请行政复议等方式来维护自己的合法权益。 请记得保留所有相关文件和证据，以便在必要时进行申诉或起诉。同时，也可以考虑聘请专业的法律顾问协助处理此事，以确保您的权益得到最大程度的保护。