您好！根据您提供的信息，您与对方签订了一份工程合作协议，并且已经支付了50万元作为预付款。您也提到对方给您开具了收据，并且已经还了部分款项。如果双方之间的合同存在争议或者需要解决纠纷，建议您可以考虑寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的权益。同时，为了确保您的合法权益不受侵害，建议您保留好相关证据和往来函件等材料，以备不时之需。希望我的回答能够对您有所帮助，如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时联系我。