根据您所描述的情况，如果双方已协议离婚并达成一致意见，那么男方可以向法院申请变更房屋登记。首先，男方应当提交一份书面声明，表明其不同意将该房产作为二套住房进行出售或购买；其次，男方应当提供证明其婚姻关系终止的证据，如法院判决书等；最后，男方应当支付相关费用，包括但不限于评估费和公证费。 需要注意的是，在离婚后一年内办理房产证的行为可能存在一定的风险，因为这可能违反了有关房地产交易的规定。因此，建议男方尽快与律师进行详细咨询，以确保自己的权益得到保护。