您好！根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动合同应当遵循平等自愿、协商一致的原则，并不得违反法律、行政法规的规定。如果您与工厂签订了学徒期合同并约定在合同履行期间完成规定的学习任务，那么该合同是有效的。至于您提到的扣除费用的问题，这需要具体情况具体分析，建议您与工厂进行沟通，了解具体的扣费原因和标准，以便更好地维护自己的合法权益。如果合同中有明确的条款说明可以扣除费用的情况，则应该按照合同约定执行。同时，如果存在欺诈或不实陈述等问题，您可以考虑向相关部门投诉或者通过法律途径解决。