在处理与员工之间的纠纷时，应当遵循公正、公平的原则。如果公司发现产品存在质量问题需要进行返工，并且已经按照法律规定进行了相应的手续和程序，则可以考虑将该部分返工材料作为废品处理。 然而，在这种情况下，公司是否应该直接将这些返工材料堆积起来而不进行任何处理，这取决于具体情况。例如，如果这些返工材料是经过严格检测并符合相关标准的，那么公司有权保留这些材料以备将来使用。但是，如果这些返工材料不符合质量标准或者有其他不可接受的情况，公司则可能需要将其视为废品处理。 无论采取何种方式处理，都应确保遵守相关的法律法规，尊重劳动者的权益，同时也要保证公司的利益不受损害。建议您咨询专业的法律顾问或律师，以便获得更具体的法律意见。