在您与新法人签订的协议中明确表示，对于涉及违规发票的问题，今后将由新法人承担全部责任，同时约定您的公司不再对这些违规发票负有任何法律责任。这种情况下，从法律角度分析，您的公司在签署协议时应当是出于善意和诚实信用的原则，并且考虑到未来可能出现的风险。 然而，需要注意的是，这并不意味着您不会因为之前的违法行为而受到处罚或者承担责任。例如，如果您公司的行为违反了相关的税收法规或会计准则，那么在未来的税务审计或其他检查中，可能会被要求进行补缴税款或罚款。此外，如果后续发现存在其他未披露的违法行为，也可能导致新的法律风险。 因此，在处理这类情况时，建议您考虑聘请专业的法律顾问进行全面的法律审查，以确保所有可能的法律后果都被充分考虑和妥善处理。同时，您可以根据自身实际情况调整策略，如寻求减轻或避免相关责任的方式，或者采取其他措施来降低潜在风险。