在中华人民共和国境内设立的国家机关及其所属部门依法批准的投资项目，如果被认定为非法集资活动，可能会影响到其事业单位编制。这是因为事业单位编制通常与政府或公共机构相关联，而非法集资行为可能会被认为违反了法律法规和政策。 具体来说，如果一个单位被定性为非法集资，它可能需要进行整改并接受相应的监管措施，这可能包括撤销某些项目的审批权或者限制其经营活动范围。这些措施可能导致该单位的业务运营受到一定程度的影响，从而影响到其事业单位编制。 因此，在处理此类情况时，应根据具体情况分析其对事业单位编制的具体影响，并采取适当的应对策略。同时，对于任何涉嫌非法集资的行为，应严格遵守法律规定，确保社会稳定和经济秩序的正常运行。