您好，根据国家税务总局《关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2013年第47号）的规定，纳税人发生年度亏损的，可以结转以后年度弥补；如果以前年度亏损未用应纳税所得额弥补完的，可以逐年递延，在不超过其亏损总额的1/5部分范围内继续弥补。因此，您在2006年的年度亏损未用应纳税所得额弥补完的情况下，可以申请向税务机关申请退税。如果您认为公司的行为存在不当之处，建议及时与公司进行沟通协商，并保留相关证据材料以备不时之需。同时，您也可以考虑寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。