南京幕府山庄小区收取停车费是不合法的。根据《中华人民共和国民法典》第二十四条的规定。“不动产权利人对相邻权利人因通行等必须利用其土地时，应当提供必要的便利。”因此，如果业主需要使用物业公共区域进行停车，应该事先征得物业公司或业主委员会的同意，并承担相应的费用。此外，停车场的收费应由业主自行协商决定，并向政府相关部门备案，以确保收费的合理性。