在处理此类案件时，应当遵守相关法律法规和诉讼程序。根据法律规定，代理人必须是与被代理人具有合法关系的人，并且该关系能够为诉讼行为提供合理的基础。如果员工不是在同一分公司的员工，那么他们之间的关系是否足以构成代理人的资格，需要具体分析其与被代理人的关系以及双方的法律地位等因素。 通常情况下，除非有特殊的规定或法院特别允许，否则不建议基于不同分公司员工的身份进行代理诉讼。因为这可能会导致代理权的合法性受到质疑，甚至可能违反相关法规。因此，在涉及诉讼代理时，应确保所有参与人员都符合法律规定的要求，以避免不必要的纠纷和法律风险。