环保部门在发现企业违反环境保护规定时，应当采取警告和劝告等非强制性措施作为第一选择，以警示企业和公众注意环境影响，并及时纠正违法行为。如果上述措施无法达到预期效果，或者企业的违法行为已经严重损害了环境，那么执法机关有权根据具体情况采取罚款或其他必要的行政措施进行处罚。然而，在实施任何行政处罚之前，必须确保有充分的证据证明企业确实存在环境污染的行为，并且该行为已造成了实际的或潜在的环境污染后果。此外，环保部门应尽可能地遵循公平、公正的原则，给予企业合理的申诉机会，避免滥用职权导致不必要的社会矛盾和争议。