如果被告已经撤回起诉，并且案件已由法院移交公安机关进行调查。那么，根据法律规定，公安机关应当依法对案件进行审查和处理。 首先，公安机关应该核实是否有新的证据或者线索表明被告人有犯罪行为。如果有新的证据或线索，公安机关可以重新立案侦查。 其次，公安机关在调查过程中，可能会对被告人的行为进行调查取证。如果发现其行为符合刑事犯罪的构成条件，公安机关有权将其移送检察机关提起公诉。 最后，在案件调查结束后，公安机关将依据法律的规定作出相应的处理决定。这可能包括撤销案件、不起诉、移送检察院等。 总之，对于这种情况，公安机关需要按照法律规定进行调查和处理，确保公正合法地履行职责。同时，也需要注意保护当事人的合法权益，避免造成不必要的伤害。