您好，根据您的描述，您是一家从事鸟类胚胎孵化的工厂。在环保部门的要求下，您的工厂被要求停产，并且需要提供相关的证明文件。 首先，您需要确保所有的证照都已获得并有效。这可能包括但不限于营业执照、卫生许可证、动物防疫合格证等。这些证照是您合法经营的基础。 其次，您需要向环保部门提交详细的停产计划和措施，以便他们能够评估您的设施是否符合环保标准。您可能需要进行一些整改工作，以满足环保要求。 最后，如果您认为自己的行为受到不公平对待或存在争议，您可以考虑寻求法律援助。您可以联系当地的法律顾问或者相关法律机构，了解是否有针对此类情况的法律法规以及如何保护自己的权益。 希望以上信息对您有所帮助。如果还有其他问题，请随时与我联系。