您好！根据《中华人民共和国工伤保险条例》的规定，工伤职工因治疗工伤需要住院治疗的，由所在单位按照本单位因公出差伙食补助标准的70%发给住院伙食补助费。因此，您已经支付了1000元的医疗费用，并且已经参加了工伤保险，那么这笔费用应该由工伤保险基金来承担。 至于是否将这部分费用作为您的个人赔偿金，这取决于工伤保险基金的具体规定和公司的政策。一般来说，如果工伤保险基金能够全额补偿您，那么这笔费用将直接从工伤保险基金中支付给您。如果您认为自己的权益受到了侵害，建议向相关部门反映情况并寻求帮助。