根据我国相关法律规定，夫妻双方在分居期间未办理离婚手续，但一方已与他人结婚并生育子女，这种情况并不影响其婚姻关系的效力。因此，在这种情况下，如果女方已经怀孕并且找到了另一方并与之结婚，这通常不会受到法律的限制。 然而，具体到您提到的情况中，由于男方目前仍然有配偶并正在共同生活，这可能会影响他是否能够获得孩子的抚养权。此外，如果孩子出生后的一段时间内，双方均不愿意继续共同生活，也可能导致孩子被法院判决归对方抚养。 最终决定应由法院根据具体情况和证据材料进行裁决。建议您寻求专业的法律帮助，以便更好地了解您的权益和选择。