根据您提供的信息，叔叔去世后，他的遗产包括两套房产。其中一套是拆迁安置房，已经在叔叔去世前住人并已办理入住手续，但尚未办理产权登记。另外一套可能需要通过法定程序处理，因为没有产权证书。 关于是否可以立遗嘱将这两套房产留给侄子的问题，这取决于当地的法律规定以及当地习惯法。在中国的法律体系中，对于此类案件通常会考虑多个因素，例如财产继承权、家庭关系、亲属间的权利义务等。 如果在您的所在地，有明确的规定允许在未完成产权登记的情况下立遗嘱，且该遗嘱符合当地的法律规定，则该遗嘱可能会被认可。然而，需要注意的是，即使遗嘱被确认有效，也无法立即执行，还需要经过相应的法律程序来确保合法性和公正性。 因此，建议您详细咨询当地的法律专家或法律顾问，以获取更准确的法律意见。同时，考虑到您提到的“农村习俗”，这种做法可能存在一定的争议和风险，应当谨慎考虑并寻求专业的法律帮助。