您的情况可能涉及到劳动法和税务法规的问题。首先，关于您提到的“员工养老保险”，这通常是由企业和个人共同承担的。如果公司已经将这些费用进行了补缴，并且符合相关的法律规定，那么这部分费用应该由企业来承担。 其次，如果您之前自己也曾经为员工缴纳过养老保险，即使当时是以个体工商户的身份进行的，现在公司认为需要改为以企业的名义进行处理，也是合理的。这是因为按照现行的法律法规，企业应当对所有员工的养老保险费用负责。 最后，如果您认为公司没有履行其义务或者存在其他不当行为，可以考虑通过合法途径维护自己的权益，如向当地的劳动监察部门投诉或提起诉讼等。 总之，在处理类似问题时，建议您详细了解相关法律法规，同时也可以寻求专业的法律帮助。