根据《中华人民共和国土地管理法》和相关法律法规的规定，国有土地使用权的取得需要经过法定程序，并且必须符合国家的土地利用政策和规划要求。如果政府在没有充分证据证明甲院落的土地使用权已经被合法使用或存在其他违法行为的情况下，直接注销其土地使用权证书是不正确的。 首先，依据《中华人民共和国民法典》，土地使用权属于所有权的一种具体表现形式，而土地的所有权归国家所有或者集体所有。因此，即使土地使用权被依法设定为个人所有，也不能随意撤销。 其次，《中华人民共和国城市房地产管理法》明确规定，任何单位和个人不得非法转让、出租、出借、抵押、典当房屋和其他不动产；禁止买卖、出租、出借、赠与、抵押、典当或者以其他方式非法转让、出租、出借、赠与、抵押、典当国有土地使用权、集体土地所有权等土地使用权。因此，即便该房产已经登记为乙所有，也并不意味着可以随意撤销其土地使用权。 最后，如果政府认为甲院落的土地使用权已被合法使用，应当通过相应的审批程序进行审查，并提供足够的证据支持其判断。否则，政府的注销行为可能构成违法。 综上所述，政府直接注销甲的土地产权证书的行为是错误的，违反了相关法律规定。建议政府重新评估甲院落的土地使用权状况，确保其合法性后再作处理。