在处理涉及车辆所有权转移的合同纠纷时，需要遵循以下原则。 首先确认双方是否签订了正式的购车协议。 如果存在车辆的所有权转移，则应根据合同条款确定车辆的所有权归属方和责任分配。 如果车辆未进行所有权转移，且合同中明确约定由员工使用并负责维护，则该员工应当对车辆承担相应的责任。 对于您的情况，如果车辆已过保修期，并且是由于员工操作不当导致的故障或损坏，那么可能需要承担部分维修费用或者赔偿责任。同时，作为股东，您有权要求员工按照合同规定的方式支付相关款项。 请注意，上述建议仅供参考，具体问题还需结合实际情况进行分析和处理。如果您遇到此类问题，请寻求专业的法律顾问协助解决。