您好，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的价款中包含的增值税额，为含税销售额。因此，如果您的店铺在经营过程中存在将商品或服务价格中的增值税部分单独收取的情况，则需要按照相关规定开具发票。 如果您已经缴纳了1000元，并且对方没有提供合法有效的发票，请及时与对方沟通解决此事，避免因未按规定开具发票而产生不必要的纠纷。同时，建议您保留好相关的交易记录和证据，以便日后可能产生的税务争议时能够提供有力的支持。