在施工合同纠纷中，如果存在先签的备案合同和后签的私下合同，并且两者在合同条款上存在差异，特别是计算方式不同导致金额差异巨大，这通常涉及到合同的效力问题。根据《中华人民共和国合同法》及相关司法解释，备案合同通常具有更高的法律效力，因为它是经过法定程序备案的，而私下合同可能因为违反法律规定或公序良俗而无效。 如果一审和二审均败诉，想要申请再审，需要满足《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零一条规定的条件，即有新的证据足以推翻原判决、裁定的，或者原判决、裁定认定事实的主要证据不足、未经质证或者系伪造的，或者原判决、裁定适用法律确有错误的，或者审判人员在审理该案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为的。 在申请再审时，应当重点考虑以下几个方面： 1. 是否有新的证据出现，这些证据能否证明原判决存在错误。 2. 原判决是否对备案合同和私下合同的效力认定存在错误。 3. 是否存在审判程序上的瑕疵，如证据未经质证等。 建议在申请再审前，详细审查案件材料，寻找可能的再审理由，并咨询专业律师，制定合理的再审策略。同时，考虑到再审的难度和复杂性，应做好充分的准备，包括但不限于收集新证据、分析原判决的法律适用等。