首先，根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，企业法人以其全部财产对公司的债务承担责任。因此，在您自己注册并经营的公司与您的原工作单位合作时，如果您的原工作单位在交易中遭受损失，则可能需要承担相应的法律责任。 此外，《反不正当竞争法》也明确规定，未经许可使用他人的商业秘密属于不正当竞争行为。如果您在自己的公司与他人进行交易的过程中，涉及到了未经授权使用他人的商业秘密，这也可能构成违法行为。 综上所述，建议您在处理此类业务过程中，严格遵守相关法律法规，并确保交易过程中的合法性和透明度。同时，如果您有任何疑问或担忧，请及时寻求专业的法律顾问帮助。