您好，根据我国法律规定，如果双方已经达成协议离婚，并且在离婚协议中明确约定房产归女方所有，但是该房产的产权证明为男方的父亲所有，而且该房产是在婚后重新建造的，则在拆迁时，房产应当属于女方。因为房产的所有权应由夫妻共同拥有，即使产权证明上只有一方的名字，也不能视为个人财产。建议您及时与相关机构沟通，以确保您的权益得到保护。