在刑事诉讼过程中，如果起诉的事实不完整或存在瑕疵，这将直接影响到案件的合法性及后续处理。这种情况下，法院可能会根据实际情况做出以下决定。 撤回起诉。如果发现证据不足或者指控不当，法院有权撤销已经提起的诉讼。 补充侦查。如果案件需要进一步调查以确定是否成立犯罪，法院可以要求公安机关进行补充侦查，确保案件事实得到全面了解。 终止审理。如果认为案件无法继续审理，法院可能裁定终止审理，这意味着起诉的部分或者全部被放弃。 延期审理。对于部分未完成的程序，如询问证人等，如果这些环节未能完全展开，法院可以根据情况延期审理，等待所有必要的证据和程序得以完善后再作出判决。 变更管辖。如果原管辖法院对案件有重大疑问，法院有权调整案件的管辖权，重新指定合适的法院进行审判。 其他措施。此外，如果存在违反法律规定的情况，比如滥用职权、非法取证等，也可能导致案件被暂停或者取消。 综上所述，在刑事诉讼中，如果起诉的案件事实不完整或存在瑕疵，法院有权采取上述措施之一或多种，以维护司法公正和防止冤假错案的发生。同时，这也提醒当事人应当充分准备并提供完整的证据材料，以确保案件的顺利推进和结果的公正性。