您好！如果合伙人将资金用于非法活动或个人用途而未及时归还，并且在之后通过归还部分资金来掩饰行为，那么在计算股权时，应考虑这些情况对合伙企业利益的影响。具体来说。 合法使用与归还。首先需要确认合伙人是否确实已经按照合同约定的方式和期限进行了合理的资金使用。如果有证据表明资金的使用符合合同规定，可以认为这部分资金是合法使用的。 归还的资金比例。对于已归还的资金，可以根据合伙人最初承诺的比例进行折算。例如，如果最初的协议中明确表示，如果合伙人未能按时归还全部资金，则需以一定比例补偿给其他合伙人，那么归还的资金可以在补偿的基础上按比例重新分配给其他合伙人。 非正当用途的追偿。如果发现合伙人挪用资金的行为并未达到法律规定的要求（如侵占财产），则可能涉及刑事犯罪，此时应根据相关法律法规追究其法律责任。 合伙人的贡献。在考虑归还资金的金额时，还需考虑到合伙人在此过程中为合伙企业做出的贡献。比如，如果合伙人参与了决策过程并因此承担了额外责任，这部分也应该计入归还资金的考虑范围内。 请注意，具体的处理方式可能会因国家法律和地区规定的不同而有所差异。建议您详细阅读当地的合伙法或相关的法律法规，以便获得更准确的指导。同时，在处理此类案件时，应当遵循公正、公平的原则，确保所有当事人都能受到适当的保护。