首先，关于您的疑问，“是否违反了保密协议”，需要具体分析。保密协议通常旨在保护商业秘密或个人信息不被未经授权的第三方获取。然而，在某些情况下，如在教育行业中的兼职机构与学生之间签订的协议中，可能会存在一些特殊的情况。 例如，如果该协议是针对特定的业务活动或服务而订立的，并且明确地定义了这些活动和信息属于保密范围，那么这种协议可能被认为是有效的。在这种情况下，如果兼职机构确实扣除了学生的基本工资并提供了交通费用，这可能是出于正常的商业考量，而不是侵犯了保密协议。 然而，需要注意的是，每个国家和地区对于保密协议的具体规定可能存在差异，因此建议您详细查阅合同条款，并根据当地的法律法规进行判断。同时，如果您对相关法律规定有疑问，可以寻求专业的法律顾问进行指导。 总的来说，关键在于理解协议的具体内容以及适用的法律法规，以确保双方的利益得到公平保障。