根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则的规定，纳税人销售货物或者应税劳务，除国家另有规定外，应当向购买方开具发票。因此，如果纳税人向购买方销售商品或提供服务，并且需要开具增值税专用发票，则其销售价格必须包括全部价款和价外费用。 在您提供的案例中，假设该产品的销售价格为5500元/箱，那么其实际成本应该是销售额减去增值额（即增值税）。由于增值税是按照销售额的一定比例计算的，具体的比例由国家税务总局确定并公布。 如果上级公司要求从您的售价中扣除16%的税金，那么这将直接影响到最终的销售收入，从而影响到利润的分配。这种情况下，您可以考虑与上级公司协商调整价格以确保盈利最大化。 此外，如果您认为该公司的行为违反了相关法律法规，建议您及时向相关部门举报，以维护自身的合法权益。